Commit 3e98e4d0 authored by md0276b's avatar md0276b
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parent 772bd9a9
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......@@ -5,6 +5,16 @@
library(fields)
library(maps)
library(mapdata)
<<<<<<< HEAD
load("gradient_colors.rda")
source('isobath.r')
library(raster)
# lon lat
patnam='c:/ptg/work/Atlantic/'
patnam="D:/Data/Satellite/Atlantic/"
load(paste(patnam,"lat_lon.data",sep=""))
=======
library(EchoR)
#load("gradient_colors.rda")
#source('isobath.r')
......@@ -21,6 +31,7 @@ patnam='c:/ptg/work/Atlantic/'
# load(paste(patnam,"lat_lon.data",sep=""))
lon=seq(-12,13,0.015);length(lon)
lat=seq(36,60,length.out = 2401);length(lat)
>>>>>>> f612f2c8bf34080c322970953686c410c0ff4611
# zone GG
x1=-6; x2=-1; y1=43; y2=48
......@@ -34,7 +45,11 @@ asp=1.2
###
echosonde='/run/user/1000/gvfs/smb-share:domain=ifr,server=echosonde,share=data,user=mdoray/'
patnam="c:/ptg/work/Atlantic/Chloro/"
<<<<<<< HEAD
patnam="D:/Data/Satellite/Atlantic/Chla/"
=======
patnam=paste(echosonde,"Satellite/Atlantic/Chla/",sep='')
>>>>>>> f612f2c8bf34080c322970953686c410c0ff4611
patout="c:/ptg/work/Atlantic/fig_chloro_gg/"
patout='/users/mathieu/Documents/temp/'
ficnam=list.files(path=patnam) # lire les noms de fichier
......@@ -50,8 +65,12 @@ for (i in 1:length(year)) {
selfic= substr(ficnam,1,4)==paste(year[i]) & as.numeric(substr(ficnam,10,12))==jj[k] # chloro
if (sum(selfic)!=0) {
load(paste(patnam,ficnam[selfic],sep=""))
<<<<<<< HEAD
=======
dim(tablo)
length(lon);length(lat)
>>>>>>> f612f2c8bf34080c322970953686c410c0ff4611
tablo=tablo[ilon,jlat] #chloro
tablo[tablo>tabmax]=tabmax
if (jj[k]<10) {kkar=paste("00",jj[k],sep="")}
......
library(R.utils)
library(ncdf4)
# Dossier o? sont les donn?es source
# setwd("/home8/begmeil/gwel/public/atlantic/analysis/cdf/")
# setwd("//begmeil/gwel_public/atlantic/analysis/cdf/")
iota1='/run/user/1000/gvfs/smb-share:domain=ifr,server=iota1,share=satcoast-public,user=mdoray/'
setwd("//iota1/satcoast-public/atlantic/analysis/cdf/")
setwd(paste(iota1,"atlantic/analysis/cdf/",sep=''))
# dossier o? je vais stocker les r?sultats
dossier_out="C:/ptg/WORK/Atlantic/Chloro/"
dossier_out='/users/mathieu/Documents/temp/'
# je vais de 1998 ?? 2012
for(annee in 1998:2012)
{
# Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
for(jour in dir(path=as.character(annee), pattern="^[0-3]"))
{
print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# je cherche le nom du fichier compress?
fic=dir(file.path(annee, jour),pattern=".bz2")
# S'il y en a un...
if(length(fic==1))
{
# Je construis son chemin complet
fichier=file.path(annee,jour, fic)
# Cr?ation du nom du fichier d?compress?
sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# Je d?compresse
bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
tab1 <- nc_open(sortie)
# Je lis la variable analysed_chl_a
tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
nc_close(tab1)
# et je sauve la variable que j'ai lue
save(tablo,file=file.path(dossier_out,paste(substr(fic,1,9), jour,".data",sep="")))
file.remove(sortie)
}
}
}
# je vais de 2013 ?? 2015
for(annee in 2013:2015)
{
# Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
for(jour in dir(path=as.character(annee), pattern="^[0-3]"))
{
print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# je cherche le nom du fichier compress?
fic=dir(file.path(annee, jour),pattern=".bz2")
# S'il y en a un...
if(length(fic==1))
{
# Je construis son chemin complet
fichier=file.path(annee,jour, fic)
# Cr?ation du nom du fichier d?compress?
sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# Je d?compresse
bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
tab1 <- nc_open(sortie)
# Je lis la variable analysed_chl_a
tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
nc_close(tab1)
# et je sauve la variable que j'ai lue
save(tablo,file=file.path(dossier_out,paste(substr(fic,1,9), jour,".data",sep="")))
file.remove(sortie)
}
}
}
# je vais de 2016 ?? 2016
for(annee in 2016:2016)
{
# Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
for(jour in dir(path=as.character(annee), pattern="^[0-3]"))
{
print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# je cherche le nom du fichier compress?
fic=dir(file.path(annee, jour),pattern=".bz2")
# S'il y en a un...
if(length(fic==1))
{
# Je construis son chemin complet
fichier=file.path(annee,jour, fic)
# Cr?ation du nom du fichier d?compress?
sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# Je d?compresse
bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
tab1 <- nc_open(sortie)
# Je lis la variable analysed_chl_a
tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
nc_close(tab1)
# et je sauve la variable que j'ai lue
save(tablo,file=file.path(dossier_out,paste(substr(fic,1,9), jour,".data",sep="")))
file.remove(sortie)
}
}
}
library(R.utils)
library(ncdf4)
# Dossier o? sont les donn?es source
# setwd("/home8/begmeil/gwel/public/atlantic/analysis/cdf/")
# setwd("//begmeil/gwel_public/atlantic/analysis/cdf/")
#setwd("//iota1/satcoast-public/atlantic/analysis/cdf/")
prefin="J:/"
path.atlantic.Chl=paste(prefin,'atlantic/analysis/cdf/',sep='')
#setwd(path.atlantic.Chl)
# dossier o? je vais stocker les r?sultats
dossier_out="C:/ptg/WORK/Atlantic/Chloro/"
dossier_out="D:/Data/Satellite/Atlantic/Chla/"
prefout='Y:/Satellite/'
dossier_out=paste(prefout,"Atlantic/Chla/data/",sep='')
# de 1998 a aujourd hui --------
# Replace output file if exists?
replaceFile=FALSE
# Most recent file in output path
fic2=sort(dir(dossier_out))
lastChlaFile=fic2[length(fic2)]
lastpYearChla=substr(lastChlaFile,1,4)
currYear=substr(Sys.Date(),1,4)
# Define years to process
firstYearChla=lastpYear
lastYearChla=currYear
for(annee in firstYearChla:lastYearChla){
# Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
for(jour in dir(path=as.character(paste(
path.atlantic.Chl,annee,sep='')), pattern="^[0-3]")) {
print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# je cherche le nom du fichier compress?
fic=dir(file.path(path.atlantic.Chl,annee, jour),
pattern=".bz2")
# S'il y en a un...
if(length(fic==1)){
if (replaceFile|
(sum(paste(substr(fic,1,8),sep='')%in%
substr(fic2,1,8))==0)){
# Je construis son chemin complet
fichier=file.path(path.atlantic.Chl,annee,jour, fic)
# Cr?ation du nom du fichier d?compress?
sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# Je d?compresse
bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
tab1 <- nc_open(sortie)
# Je lis la variable analysed_chl_a
tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
nc_close(tab1)
# et je sauve la variable que j'ai lue
save(tablo,
file=file.path(dossier_out,
paste(substr(fic,1,9),
jour,".data",sep="")))
file.remove(sortie)
cat(file.path(dossier_out,
paste(substr(fic,1,9),
jour,".data",sep="")),
'file saved','\n')
}else{
cat(fic,'file already exists in output folder','\n')
}
}
}
}
# Zold
# iota1='/run/user/1000/gvfs/smb-share:domain=ifr,server=iota1,share=satcoast-public,user=mdoray/'
# setwd("//iota1/satcoast-public/atlantic/analysis/cdf/")
# setwd(paste(iota1,"atlantic/analysis/cdf/",sep=''))
# # dossier ou stocker les resultats
# #dossier_out="C:/ptg/WORK/Atlantic/Chloro/"
# #dossier_out='/users/mathieu/Documents/temp/'
#
# # De 1998 a 2012 ----------
# for(annee in 1998:2012)
# {
# # Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
# for(jour in dir(path=as.character(paste(
# path.atlantic.Chl,annee,sep=''), pattern="^[0-3]"))
# {
# print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# # je cherche le nom du fichier compress?
# fic=dir(file.path(annee, jour),pattern=".bz2")
# # S'il y en a un...
# if(length(fic==1))
# {
# # Je construis son chemin complet
# fichier=file.path(annee,jour, fic)
# # Cr?ation du nom du fichier d?compress?
# sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# # Je d?compresse
# bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
# tab1 <- nc_open(sortie)
# # Je lis la variable analysed_chl_a
# tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
# nc_close(tab1)
# # et je sauve la variable que j'ai lue
# save(tablo,file=file.path(dossier_out,paste(substr(fic,1,9), jour,".data",sep="")))
# file.remove(sortie)
# }
# }
# }
# # je vais de 1998 ?? 2012
# for(annee in 1998:2012){
# # Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
# for(jour in dir(path=as.character(annee), pattern="^[0-3]"))
# {
# print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# # je cherche le nom du fichier compress?
# fic=dir(file.path(annee, jour),pattern=".bz2")
# # S'il y en a un...
# if(length(fic==1))
# {
# # Je construis son chemin complet
# fichier=file.path(annee,jour, fic)
# # Cr?ation du nom du fichier d?compress?
# sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# # Je d?compresse
# bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
# tab1 <- nc_open(sortie)
# # Je lis la variable analysed_chl_a
# tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
# nc_close(tab1)
# # et je sauve la variable que j'ai lue
# save(tablo,file=file.path(dossier_out,paste(substr(fic,1,9), jour,".data",sep="")))
# file.remove(sortie)
# }
# }
# }
#
# # je vais de 2013 ?? 2015
# for(annee in 2013:2015){
# # Je cherche tous les sous-dossiers qui commencent par 0, 1, 2 ou 3
# for(jour in dir(path=as.character(annee), pattern="^[0-3]")){
# print(paste("Annee : ",annee," Jour : ", jour))
# # je cherche le nom du fichier compress?
# fic=dir(file.path(annee, jour),pattern=".bz2")
# # S'il y en a un...
# if(length(fic==1)){
# # Je construis son chemin complet
# fichier=file.path(annee,jour, fic)
# # Cr?ation du nom du fichier d?compress?
# sortie=file.path(dossier_out,gsub("[.]bz2$", "", fic))
# # Je d?compresse
# bunzip2(fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=FALSE, BFR.SIZE=1e+07)
# tab1 <- nc_open(sortie)
# # Je lis la variable analysed_chl_a
# tablo=ncvar_get(tab1,"analysed_chl_a")
# nc_close(tab1)
# # et je sauve la variable que j'ai lue
# save(tablo,file=file.path(dossier_out,paste(substr(fic,1,9), jour,".data",sep="")))
# file.remove(sortie)
# }
# }
......@@ -19,14 +19,18 @@ conv.n2char3.f=function(nn) {
return(cn)
}
############## read1_SST ######
# Define paths ----------
############## read1_SST ##
### B: c'est le disque "/home8/begmeil/gwel_public/atlantic/
### diff?rents produits selon les ann?es: Pathfinder, Ostia, Odyssea
### depuis 04/2017 B: "/iota1/satcoast-public/atlantic/"
pref="J:/"
iota1="/run/user/1000/gvfs/smb-share:domain=ifr,server=iota1,share=satcoast-public,user=mdoray/"
path.atlantic=paste(iota1,'atlantic/SST/',sep='')
path.atlantic=paste(pref,'atlantic/',sep='')
#
path.atlantic=paste(iota1,'atlantic/',sep='')
#path.atlantic=iota1
......@@ -34,12 +38,22 @@ path.atlantic=paste(iota1,'atlantic/',sep='')
# dossier o? je vais stocker les r?sultats
patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/"
patout="/users/mathieu/Documents/Data/SST/"
patout="D:/Data/Satellite/Atlantic/SST/pathfinder/"
patout="G:/Satellite/Data/Atlantic/SST/pathfinder/"
# 1999-0101 - 2009-1231: Pathfinder ----
#for(annee in 1999:2009) {
for(annee in 2009:2009) {
patin=paste(path.atlantic,"pathfinder/",annee,"/SST/",sep="")
fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
fic=fic[nchar(fic)<19]
# 1999-0101 ? 2009-1231: Pathfinder
for(annee in 1999:2009) {
patin=paste(path.atlantic,"pathfinder/",annee,"/SST/",sep="")
fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
fic2=dir(path=patin,pattern="png")
if(length(fic)>=1) {
for (k in 1:length(fic)) {
fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
......@@ -71,10 +85,12 @@ for(annee in 1999:2009) {
}
}
# 2010-0101 ? 2010-0831 : Ostia
# 2010-0101 - 2010-0831 : Ostia -------
annee=2010
patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/ostia/"
patout="D:/Data/Satellite/Atlantic/SST/ostia/"
patin=paste("B:/ostia/",annee,"/SST/",sep="")
patin=paste(path.atlantic,"ostia/",annee,"/SST/",sep="")
fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
if(length(fic)>=1) {
for (k in 1:length(fic)) {
......@@ -98,97 +114,125 @@ patin=paste("B:/ostia/",annee,"/SST/",sep="")
}
}
# 2010-0901 ? 2013-1231 : Odyssea
# >2010 : Odyssea -------------
replaceFile=FALSE
pref='Y:/Satellite/'
patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/odyssea/"
for(annee in 2010:2013) {
patin=paste("B:/odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
patout="D:/Data/Satellite/Atlantic/SST/odyssea/"
patout=paste(pref,"Atlantic/SST/data/",sep='')
# Most recent file in output path
fic2=sort(dir(path=patout,pattern=".data"))
lastSSTFile=fic2[length(fic2)]
lastpYearSST=substr(lastSSTFile,4,7)
currYear=substr(Sys.Date(),1,4)
# Define years to process
firstYearSST=lastpYearSST
lastYearSST=currYear
for(annee in firstYearSST:lastYearSST) {
#for(annee in 2014:2019) {
#patin=paste("B:/odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
patin=paste(path.atlantic,"odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
if(length(fic)>=1) {
for (k in 1:length(fic)) {
fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
sortie=paste(patout,gsub("[.]gz$", "", fic[k]),sep="")
gunzip(filename=fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=F, BFR.SIZE=1e+07)
# Je modifie le fichier pour qu'il ait la m?me structure que celui de chloro
mat=readTIFF(source=sortie); mat[mat<0]=NA
mat=t(mat)
nl=dim(mat)[1]; nc=dim(mat)[2]
sst=matrix(NA,nrow=nl,ncol=nc)
for (j in 1:nc) { sst[,j]=mat[,(nc+1)-j] }
# Je sauve le fichier dans un .data et d?truit le .tif
ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
joju=conv.n2char3.f(joju)
ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
save(sst,file=ficout)
file.remove(sortie)
}
}
}
# 2014-0101 ? 2015-1231 : Odyssea
patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/"
for(annee in 2014:2015) {
patin=paste("B:/odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
if(length(fic)>=1) {
for (k in 1:length(fic)) {
fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
sortie=paste(patout,gsub("[.]gz$", "", fic[k]),sep="")
gunzip(filename=fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=F, BFR.SIZE=1e+07)
# Je modifie le fichier pour qu'il ait la m?me structure que celui de chloro
mat=readTIFF(source=sortie); mat[mat<0]=NA
mat=t(mat)
nl=dim(mat)[1]; nc=dim(mat)[2]
sst=matrix(NA,nrow=nl,ncol=nc)
for (j in 1:nc) { sst[,j]=mat[,(nc+1)-j] }
# Je sauve le fichier dans un .data et d?truit le .tif
ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
joju=conv.n2char3.f(joju)
ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
save(sst,file=ficout)
file.remove(sortie)
}
fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
# replace files if replaceFile or file not found in patout
if (replaceFile|(sum(substr(fic[k],1,11)%in%substr(fic2,1,11))==0)){
sortie=paste(patout,gsub("[.]gz$", "", fic[k]),sep="")
gunzip(filename=fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=F, BFR.SIZE=1e+07)
# Je modifie le fichier pour qu'il ait la m?me structure que celui de chloro
mat=readTIFF(source=sortie); mat[mat<0]=NA
mat=t(mat)
nl=dim(mat)[1]; nc=dim(mat)[2]
sst=matrix(NA,nrow=nl,ncol=nc)
for (j in 1:nc) { sst[,j]=mat[,(nc+1)-j] }
# Je sauve le fichier dans un .data et d?truit le .tif
ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
joju=conv.n2char3.f(joju)
ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
print(paste('File',ficout,'saved'))
save(sst,file=ficout)
file.remove(sortie)
}else{
ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
joju=conv.n2char3.f(joju)
ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
print(paste('File',ficout,'already exists'))
}
}
}
}
# 2016-0101 ? 2016-1231 : Odyssea
patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/"
patout="/users/mathieu/Documents/Data/SST/"
iota1='/users/mathieu/.gvfs/smb-share:domain=ifr,server=iota1,share=satcoast-public,user=mdoray/'
donnees22="/users/mathieu/.gvfs/smb-share:domain=ifr,server=nantes,share=donnees2,user=mdoray/"
iota1=paste()
#read.table(paste(donnees22,'Campagnes/PELGAS/Data/Acoustique/PELGAS0012_sAbiom_esdus.txt',sep=''),sep=';')
for(annee in 2016:2018) {
patin=paste(iota1,"atlantic/odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
if(length(fic)>=1) {
for (k in 1:length(fic)) {
fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
sortie=paste(patout,gsub("[.]gz$", "", fic[k]),sep="")
gunzip(filename=fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=F, BFR.SIZE=1e+07)
# Je modifie le fichier pour qu'il ait la m?me structure que celui de chloro
mat=readTIFF(source=sortie); mat[mat<0]=NA
mat=t(mat)
nl=dim(mat)[1]; nc=dim(mat)[2]
sst=matrix(NA,nrow=nl,ncol=nc)
for (j in 1:nc) { sst[,j]=mat[,(nc+1)-j] }
# Je sauve le fichier dans un .data et d?truit le .tif
ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
joju=conv.n2char3.f(joju)
ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
save(sst,file=ficout)
file.remove(sortie)
}
}
}
# # 2014-0101 ? 2015-1231 : Odyssea
# patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/"
# for(annee in 2014:2015) {
# patin=paste("B:/odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
# fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
# if(length(fic)>=1) {
# for (k in 1:length(fic)) {
# fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
# sortie=paste(patout,gsub("[.]gz$", "", fic[k]),sep="")
# gunzip(filename=fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=F, BFR.SIZE=1e+07)
# # Je modifie le fichier pour qu'il ait la m?me structure que celui de chloro
# mat=readTIFF(source=sortie); mat[mat<0]=NA
# mat=t(mat)
# nl=dim(mat)[1]; nc=dim(mat)[2]
# sst=matrix(NA,nrow=nl,ncol=nc)
# for (j in 1:nc) { sst[,j]=mat[,(nc+1)-j] }
# # Je sauve le fichier dans un .data et d?truit le .tif
# ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
# mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
# joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
# joju=conv.n2char3.f(joju)
# ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
# save(sst,file=ficout)
# file.remove(sortie)
# }
# }
# }
#
# # 2016-0101 ? 2016-1231 : Odyssea
# patout="C:/ptg/WORK/Atlantic/SST/"
# patout="/users/mathieu/Documents/Data/SST/"
#
# iota1='/users/mathieu/.gvfs/smb-share:domain=ifr,server=iota1,share=satcoast-public,user=mdoray/'
# donnees22="/users/mathieu/.gvfs/smb-share:domain=ifr,server=nantes,share=donnees2,user=mdoray/"
# iota1=paste()
#
# #read.table(paste(donnees22,'Campagnes/PELGAS/Data/Acoustique/PELGAS0012_sAbiom_esdus.txt',sep=''),sep=';')
#
# for(annee in 2016:2018) {
# patin=paste(iota1,"atlantic/odyssea/",annee,"/SST/",sep="")
# fic=dir(path=patin,pattern="tif.gz")
# if(length(fic)>=1) {
# for (k in 1:length(fic)) {
# fichier=paste(patin,fic[k],sep="")
# sortie=paste(patout,gsub("[.]gz$", "", fic[k]),sep="")
# gunzip(filename=fichier, destname=sortie, overwrite=T, remove=F, BFR.SIZE=1e+07)
# # Je modifie le fichier pour qu'il ait la m?me structure que celui de chloro
# mat=readTIFF(source=sortie); mat[mat<0]=NA
# mat=t(mat)
# nl=dim(mat)[1]; nc=dim(mat)[2]
# sst=matrix(NA,nrow=nl,ncol=nc)
# for (j in 1:nc) { sst[,j]=mat[,(nc+1)-j] }
# # Je sauve le fichier dans un .data et d?truit le .tif
# ye=as.numeric(substr(fic[k],4,7))
# mo=as.numeric(substr(fic[k],8,9)); jo=as.numeric(substr(fic[k],10,11))
# joju=conv.mj2jj.f(mo,jo,ye)
# joju=conv.n2char3.f(joju)
# ficout=paste(patout,substr(fic[k],1,11),"-",joju,".data",sep="")
# save(sst,file=ficout)
# file.remove(sortie)
# }
# }
# }
......
......@@ -2,6 +2,8 @@
# Auteur: Pierre Petitgas, Mathieu Doray
# ******************************************
# 0. setup ---------
# *******************
library(fields)
library(maps)
library(mapdata)
......@@ -15,7 +17,22 @@ library(maptools)
data(gradient_colors)
paletteGC=rasterTheme(region=gradient.colors)
# 1. Define grid and polygon selection ----------
# 0.1. Define paths -----
</