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sumaris-doc
Commit fee129ca authored by LAVENIER's avatar LAVENIER
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[enh] RDF: Add doc on security. 

[enh] RDF: Add a table of content
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architecture/rdf/img/rdf-components.puml
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......@@ -99,15 +99,16 @@ package "net.sumaris.core.rdf" {
package http {
class SparqlRestController {
The SparQL endpoint
The **SparQL endpoint**,
with content type negotiation
==
}
hide SparqlRestController methods
class OntologyRestController {
Export a database entity model
into an ontology, and export
data as individual
* **Expose as an ontology** a conceptual model (e.g. used by DB);
* **Expose as individuals** a DB content (e.g. referential instances);
* Allow to **convert** any ontology to supported formats.
==
}
......
architecture/rdf/img/rdf-components.svg
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architecture/rdf/index_fr.md
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# Architecture > Module Web sémantique
## Sommaire
* [Introduction](#introduction)
* [Fonctionnalités](#fonctionnalités)
* [Point d'accès SparQL](#point-daccès-sparql)
* [Triple store](#triple-store)
* [Recherche fédérée](#données-accessibles)
* [Synchronisation](#synchronization)
* [Conversion d'ontologies](#conversion-dontologies)
* [Publication d'ontologies](#publication-dontologies)
* [Publication de données](#publication-de-données)
* [Implémentation technique](#implémentation-technique)
* [Libraries et frameworks](#libraries-et-frameworks)
* [Composants logiciels](#composants-logiciels)
* [package `http`](#package-http)
* [package `service`](#package-service)
* [package `loader`](#package-loader)
* [package `adapter`](#package-adapter)
* [package `dao`](#package-dao)
* [package `util`](#package-util)
* [Sécurité](#securité)
* [Condiguration](#configuration)
## Introduction
Le module a pour objectif la diffusion de données dans un formalisme compatible avec les standards
......@@ -64,26 +87,28 @@ Exemples de requêtes SparQL:
curl -H 'Accept: text/turtle' 'http://simm.e-is.pro/sparql' \
--data-raw 'query=PREFIX%20sar%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fsimm.e-is.pro%2Fontology%2Fschema%2F%3E%0APREFIX%20dwctax%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Frs.tdwg.org%2Fontology%2Fvoc%2FTaxonName%23%3E%0APREFIX%20dwc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Frs.tdwg.org%2Fdwc%2Fterms%2F%3E%0APREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0ACONSTRUCT%20%7B%0A%20%20%3Fsub%20rdf%3Atype%20dwctax%3ATaxonName%20%3B%0A%09dwc%3AscientificName%20%3Flabel%20.%0A%7D%0AWHERE%20%7B%0A%20%20%3Fsub%20rdf%3Atype%20%3Ftype%20%3B%20%0A%20%20%20%20%20%20%20dwc%3AscientificName%20%3Flabel%20.%20%20%0A%7D%20LIMIT%2010'
```
#### Données accessibles
#### Triple store
Le SparQL endpoint permet l'accès :
- Aux données d'un TripleStore local, utilisant Apache Jena TDB2.
Le SparQL endpoint permet l'accès aux triplets stockés dans un "triple store" [Apache Jena TDB2](https://jena.apache.org/documentation/tdb2/).
Ce dataset peut-être, par exemple, chargée et mis à jour à partir :
* D'une ou plusieurs bases de données (ex: table de référentiels);
* De SparQL endpoints distants, via des requetes de type CONSTRUCT, stockés en fichiers;
* De fichier RDF locaux;
* etc.
Ceci rend accessible des jeux de données (datasets) chargés et mis à jour. Plusieurs types de chargement sont possible :
- Chargement depuis une ou plusieurs bases de données (ex: table de référentiels);
- Chargement à interrogation de "SparQL endpoints" distants, via des requetes (de type `CONSTRUCT`) stockées en fichier;
- Chargement depuis des fichiers RDF;
- etc.
Chacune de ces sources de données est isolé dans un sous-ensemble, ce qui
permet de les requéter indépendamment, par sous-ensemble, à partir d'une requête du type :
Chaque jeu de données est isolé dans un sous-ensemble (dit "named graph"), pour permettre de les requéter indépendamment,
par sous-ensemble, à partir d'une requête du type :
```
SELECT ...
FROM NAMED <URI> <-- URI du sous-ensemble à requeter
FROM NAMED GRAPH <URI> <-- URI du sous-ensemble à requeter
WHERE ...`
```
- Aux données d'autres endpoints (et leur jeux de données associés) via
une requête SparQL **fédérée** du type :
#### Recherche fédérée
Il est possible de requêter des endpoints SparQL tiers, et d'interroger leur jeux de données.
Exemple de requête SparQL **fédérée** :
```
SELECT * FROM
WHERE {
......@@ -93,14 +118,23 @@ Le SparQL endpoint permet l'accès :
}
```
#### Synchronisation du Triple Store
#### Synchronisation
Le module permet de mettre à jour automatiquement le tripletsore local (TDB2) :
- A chaque re-démarrage du serveur
- Suivant une période données, par exemple toutes les nuits - TODO: NON implémenté
Le module permet de mettre à jour automatiquement le triple store, notamment :
- A chaque re-démarrage du serveur;
- en cron - à une période données - **TODO: à implémenter**.
Suivant du module (via une fichier de configuration) l'importation des données pourrat avoir depuis une BDD,
des endpoints distants, des fichiers locaux, etc.
Le chargement des données peut se faire depuis plusieurs sources :
- depuis une ou plusieurs BDD;
- des endpoints SparQL distants,
- des fichiers locaux;
- etc.
L'importation via un fichier de configuration.
TODO :
- implémneter le cron
- gérer la détection des mises à jour (import incrémental - nécessite une date de dernière mise à jour)
### Conversion d'ontologies
......@@ -127,9 +161,10 @@ Exemples de conversion:
> L'outil de visusalition WebVowl est disponible à l'adresse `<SERVER_URL>/webvowl`, et exploite cette fonction de conversion,
> afin de rendre visualisable n'importe quel modèle d'ointologie disponible sur le net. ([démo](http://simm.e-is.pro/webvowl))
### Ontologie d'un schéma BDD
### Publication d'ontologies
Le module permet de publier, sous forme d'ontologie, un modèle de données issu d'une BDD.
Le module permet de publier sous forme d'ontologie, une schéma issu d'un modèle de données
Pour cela, le module autorise l'accès (HTTP GET) aux adresses suivantes :
- `<SERVER_URL>/ontology/schema` : publication du schéma entier (Classes et attributs)
- `<SERVER_URL>/ontology/schema/<CLASSE>` : publication d'une classe, de ses attributs, et de ses classes directement connectées;
......@@ -162,13 +197,14 @@ Les formats de réponse suivants sont possibles :
| Thrift | `thrift`, `rt`, `trdf` | `application/rdf+thrift`, `application/x-thrift`, `application/rdf+x-thrift`, `application/vnd.apache.thrift.binary` |
| VOWL | `vowl` | `application/webvowl+json` |
> Un outil graphique est disponible à l'adresse `<SERVER_URL>/ontology` pour construire et tester les
> différents chemins, options et format possibles.
> Un outil est disponible à l'adresse `<SERVER_URL>/ontology` pour construire et tester les
> différents chemins, options et format possibles. ([démo](simm.e-is.pro/ontology))
>
> Une visualisation graphique d'ontologies y est également possible (en cliquant sur le bouton "View WebVowl")
### Accès aux données d'une BDD
### Publication de données
Le module permet d'accéder à des instances issues d'une base de données sous-jacente, pour des tables de référentiels.
Le module permet d'accéder à des données d'une base de données sous-jacente, par exemple aux tables de référentiel.
Pour cela, le module autorise l'accès (HTTP GET) aux adresses suivantes :
- `<SERVER_URL>/ontology/data/<CLASSE>` : toutes les instances correspondante à la classe;
......@@ -185,6 +221,10 @@ Exemples :
- http://localhost:8080/ontology/data/TaxonName/15151.ttl
- http://localhost:8080/ontology/data/TaxonName/15151?format=ttl
> Un outil est disponible à l'adresse `<SERVER_URL>/ontology` pour construire et tester les
> différents chemins, options et format possibles. ([démo](simm.e-is.pro/ontology))
## Implémentation technique
### Libraries et frameworks
......@@ -202,7 +242,8 @@ Voici les librairies et frameworks utilisés par l'implémentation du module :
* Pour les conversions au format VOWL, utilisé par [WebVOWL](http://vowl.visualdataweb.org/webvowl.html) (outil visualisation graphique d'ontologies) ;
- [Spring Boot](https://spring.io/projects/spring-boot) :
* Pour implémenter les points d'accès HTTP REST (GET ou POST), sous forme de Serlvet JEE;
* Déployable au sein d'un moteur Apache Tomcat, et/ou d'une autre application web utilisant Spring Boot.
* Déployable au sein d'un moteur Apache Tomcat, et/ou d'une autre application web utilisant Spring Boot;
* La gestion de la sécurité utilise Spring Security, pour contrôler les éventuels droits d'accès par authentificaiton.
- [Apache Maven](https://maven.apache.org/) :
* Pour la gestion des dépendances Java, la compilation et livraison du module;
......@@ -332,6 +373,14 @@ Un package `util` (non représenté sur l'illustration des composants logiciels)
- La conversion d'entité JPA (classes et instances de classes) en ontologie Jena ;
- etc.
### Sécurité
La gestion des droits d'accès peut se faire sur chaque endpoint REST, grâce à des annotations Java et Spring Security.
On peut ainsi limiter l'accès, au cas pas cas, par exemple pour autoriser uniquement certains profils d'utilisateur.
Pour le moment, l'écriture dans le triplestore et dans la BDD n'étant pas implémenté, les endpoints en accessible à tous,
sans authentification.
### Configuration
Le module est activable par l'option de configuration `rdf.enabled`.
......
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